L'invasion perse de 626 le fit se réfugier à Carthage. Il se joignit, vers 627, à la communauté des Eukrata-des. Il participa, à partir de 639, à la controverse monothélite et soutint la doctrine des «deux vouloirsÆ. En 645, il affronta, sous la présidence de l'exarque Grégoire, l'ancien patriarche de Constantinople, Pyrrhus, tout à la fois monophysite et tenant du monthélisme. La conclusion de ce débat fut inattendue : Pyrrhus se convertit à l'Orthodoxie et partit pour Rome, où il fut reçu par le pape Théodore. Le pape, encouragé par saint Maxime, excommunia le nouveau patriarche de Constantinople. Cette rupture réduisait à néant les espoirs de Pyrrhus d'être restauré : il s'enfuit à Ravenne et réintégra la hiérarchie monothélite. Théodore l'excommunia... Pyrrhus parvint à se faire restaurer en 654, peu avant de mourir.
Simple moine, saint Maxime ne participa pas aux débats du synode de Latran, en 649, qui, sous la présidence du pape Martin Ier, cent cinq évêques condamnèrent le monothélisme. Mais il en fut l'un des inspirateurs et l'un des rédacteurs des Actes, rédigés en grec.
En 653, sur l'ordre formel de Constant II, l'exarque Théodore Kalliopas arrêta le pape Martin et l'envoya à Constantinople, où, dans une parodie de procès, il fut condamné et exilé en Crimée. Saint Maxime et deux de ses disciples furent arrêtés en même temps que le pape et transférés à Constantinople.
Leur procès eut lieu après celui du pape. Lorsque l'on demanda à saint Maxime s'il était en communion avec le patriarche, il répondit
«Je ne suis pas en communion, parce qu'ils ont rejeté les quatre saints conciles par les neuf chapitres adoptés à Alexandrie, par l'Ekthesis [...], et récemment par le Typos.», puis il exposa fermement «Nul empereur n'a été capable de convaincre les Pères inspirés de conclure un accord avec les hérétiques [...]. C'est aux prêtres qu'il revient de s'enquérir et de définir ce qui concerne le dogme de l'Église catholique [...]. Durant l'anaphore, les empereurs sont commémorés avec les laïcs.»
Les accusations politiques, la collusion avec l'exarque Grégoire, furent abandonnées, faute de preuve. Saint Maxime et ses disciples furent alors traduits devant le patriarche Pierre, successeur de Pyrrhus. Condamné, les trois moines furent exilés à Bizya, sur la Mer Noire, en 655. L'année suivante, pour briser sa résistance, on lui offrit le pardon, un transfert à Regium, en Calabre, et une cérémonie de réconciliation à Constantinople. Le saint refusa.
Alors il fut décidé de le rejuger. Avec ses disciples, Maxime comparu devant les évêques et les sénateurs, on le tortura, on lui arracha la langue, on lui coupa la main droite, pour s'assurer de son silence. Puis on l'exila en Lazica. Il y mourut, le 13 août 662, à plus de quatre-vingts ans, dans la sauvagerie des contreforts du Caucase...
Personne ne protesta, ni à Rome où régnait Vitalien, ni ailleurs. Les procès intentés à saint Maxime furent iniques, son martyre inacceptable pour des chrétiens. Ces événements, qui sont la honte de l'Église Orthodoxe et qui déshonorent à tout jamais le patriarche Pierre, montrent quels excès a pu engendrer l'hérésie monophysite.
L'œuvre de Maxime comporte quelque quatre-vingt dix ouvrages majeurs. Retenons ses Opuscula theologica et polemica ad Marinum (Opuscules théologique et polémiques), vers 640, ses Ambiga, qui relèvent des «ambiguités» dans l'œuvre de saint Grégoire de Nazianze et datent de 628 à 630, ses nombreuses Scholia sur l'œuvre du pseudo-Denys et, enfin, ses CD capita de caritate (Quatre cents chapitres sur l'Amour).
Paradoxalement, Maxime ne parle qu'assez peu de la prière, au moins de manière explicite, dans ce que la Philocalie a retenu de lui.