Un jour qu'il était encore assez jeune, il quitta la maison familiale pour rejoindre le monastère du Saint-Prophète-Élie à Chouayya dans le casa du Metn Nord, mais son père s'empressa d'aller le chercher. L'on dit alors - peut-être pour le consoler - qu'il n'était pas dans la tradition des monastères d'accepter comme moine, l'aîné de la famille, considéré en tant que tel comme support et soutien. Farès s'inclina et rebroussa chemin.
Il suivit les études primaires à l'école de son village Nabay, puis il quitta l'école pour s'engager en tant qu'apprenti menuisier. A la fin de son apprentissage, il alla exercer son métier dans le souk des menuisiers à Beyrouth et c'est là que tous les soirs, à la fin de sa journée de travail, il suivit à Achrafieh, un quartier de Beyrouth, les cours de chants byzantins à l'école de Mitri el Murr, Protopsalte de l'Eglise d'Antioche.
Durant l'été 1962, à l'âge de 25 ans, il prit la décision de sa vie. Dans sa petite valise, il rangea soigneusement ses vêtements et quitta son travail au grand hôtel Phénicia, qui était la marque du luxe beyrouthin de l'époque, et rentra chez lui après avoir posé sa démission. En arrivant devant son père, à qui il vouait un énorme respect et une obéissance sans faille, il lui tendit son livret d'épargne en lui disant : « Ce compte d'épargne bloqué est ouvert à ton nom, quand il arrivera à échéance, je voudrais que tu retires cet argent pour le distribuer à part égale entre tous les membres de la famille. Quant à moi, je n'ai besoin de rien, car je vais au monastère. » Son père attristé lui demanda : « Que puis-je t'offrir dans ce monde pour que tu ne deviennes pas moine ? » Farès lui répondit : « Même si tu me donnes ce monde en héritage, mes yeux ne le convoitent pas ! Ma vie n'est pas ici mais au monastère. » Nemr le père eut beau essayer de le dissuader de suivre le chemin du monachisme en s'appuyant sur les autres membres de la famille, ce fut en vain.
Le jour même, Farès prit sa valise et se dirigea en compagnie de son frère Antoine vers le monastère de la Dormition-de-la-Mère-de-Dieu à Bkeftin dans le casa de Koura, un lieu qu'il n'avait encore jamais vu et dont il ne tenait que l'adresse et le nom de l'higoumène, l'archimandrite Youhanna (Mansour), futur métropolite de Lattakieh en Syrie, formé au sein du Mouvement de la Jeunesse Orthodoxe dans la ville même où il sera ordonné évêque.
Arrivant sur place, Farès descendit du taxi et se mit à genoux face contre le monastère et, levant les bras, il récita une prière puis se signa. En se levant, il dit à voix audible : « Je te rends grâce, Seigneur, d'avoir exaucé maintenant mon souhait. »
A l'entrée du monastère, l'archimandrite Youhanna était là pour les accueillir. Le monastère était alors en grande partie en ruine, la plupart de ses pièces étaient en état de grand délabrement et presque inhabitable. Un seul moine y vivait aux côtés de l'higoumène.
Le soleil allait paisiblement se coucher quand Antoine repartit en laissant son frère aîné au monastère. A la maison familiale, tout le monde l'attendait dans une ambiance soucieuse, son père prenant la parole lui demanda : « Alors, il est allé où exactement ? 
— Au monastère de Bkeftin à Koura, lui répondit-il, mais je te rassure tout de suite, vu l'état de ruine du monastère et étant donné que Farès travailla dernièrement à l'hôtel Phénicia à Beyrouth, il ne pourra résister plus de deux jours ou trois avant que tu ne le vois renter à la maison. » Son père le fixa du regard et lui dit : « Quelles que soient les difficultés qu'il va rencontrer, ton frère ne rentrera plus. »
La vivacité de son esprit et le zèle que Farès montra dans l'apprentissage encouragea certainement l'higoumène Youhanna à lui autoriser de reprendre ses études, ce qu'il fit en s'inscrivant à l'école rattachée au monastère patriarcal de la Dormition-de-la-Mère-de-Dieu à Balamand dans le casa de Koura (Liban Nord). Il se trouva ainsi de fait, sous l'autorité de Monseigneur Ignace (Hazim – le Patriarche actuel de l'Église orthodoxe d'Antioche et de tout l'Orient) qui était à cette époque évêque et supérieur du monastère.
Il a été ordonné diacre sous le nom de Philippos au monastère dédié au saint mégalomartyr Jacques le Persan à Deddé – Koura en 1963, par l'imposition des mains de Monseigneur Ilias (Kourban), métropolite du diocèse de Tripoli et Koura dont dépendait le monastère de Bkeftin auquel il était rattaché. Il fut remarqué tout au long de cette période pour son assiduité à la prière et à l'accomplissement de la tâche qui lui avait été confiée dans la paix, avec beaucoup de zèle, et dans l'obéissance à ses supérieurs.
La Providence, usant comme d'habitude des circonstances locales, lui fit quitter l'école de Balamand pour se diriger en l'an 1968, vers l'île de Pathmos en Grèce où il décrocha le diplôme sanctionnant la fin de ses études secondaires.
Il poursuivit ensuite son désir d'approfondir sa connaissance des livres sacrés en devenant étudiant à la faculté de théologie de Thessalonique où il officia en tant que diacre à la cathédrale Saint-Dimitrios, patron de la ville. Il est à signaler qu'il était connu pour avoir une très belle voix, attirant beaucoup de fidèles à écouter le diacre antiochien chanter et dire les litanies en arabe et en grec.
Mais le plus important pour lui en cette période, fut qu'il fit la connaissance de la Sainte Montagne de l'Athos et de la vie monacale qui s'y développait dans ce jardin de la Mère de Dieu. Il y rencontra tout particulièrement celui qu'il allait devenir son Père spirituel, l'Ancien Païssios (+ 12 juin 1994).

De retour au Liban, il fut ordonné prêtre au monastère patriarcal de la Dormition-de-la-Mère-de-Dieu à Balamand, par l'imposition des mains du patriarche Ilias IV (Mouawad), sous le même nom de Philippos. Il vécut ensuite, entre 1973 et 1975, dans le petit monastère dédié à la mémoire du Saint Mégalomartyr Georges le Tropéophore, dépendant du monastère de la Dormition de la Mère de Dieu à Hamatoura - casa de Zgharta au Liban Nord, une métochie de l'archidiocèse du Mont Liban sur le territoire de l'archidiocèse de Tripoli - Koura.
Le père Philippos prit son installation au monastère de Saint-Georges avec beaucoup d'enthousiasme. Il se mit immédiatement au travail en restaurant l'église du monastère et les cellules des moines qui l'entouraient. Il s'occupa aussi des terrains abandonnés en replantant des oliviers et de la vigne. La personnalité du Père et le travail qu'il produisit commençaient à donner des fruits et le monastère devint petit à petit un lieu de renouveau spirituel connu qui attirait vers le Seigneur des âmes de plus en plus nombreuses. Il est à signaler que le père Philippos desservit pendant son séjour dans ce monastère la paroisse dédiée au Saint-Archange-Michel dans le village proche de Ras Kifa.
Mais la grâce de Dieu lui avait prévu un autre destin. Ainsi, sous la pression de la guerre au Liban, il dut quitter son monastère situé comme le veut la tradition sur le haut d'une montagne, qui devint une position militaire appréciée, pour se réfugier de nouveau à Thessalonique où il fut promu archimandrite en 1976. Il exerça son sacerdoce dans la ville même, à l'église de Sainte-Barbara et il avait en charge les étudiants en théologie en partance du monastère patriarcal de la Dormition de la Mère de Dieu à Balamand pour la faculté de Thessalonique.
En 1978, il obtint l'autorisation de Monseigneur Georges (Khodr) du Mont Liban, de qui il dépendait encore, de rejoindre la vie monastique au Mont-Athos – connu aussi sous le nom de la République monastique orthodoxe et composée de vingt grands monastères qui se partagent le territoire d'une péninsule au nord de la Grèce, non loin de Thessalonique. Il s'installa au monastère de Stavronikita et reçut le nom de son saint patron Isaac le Syrien. Il pouvait ainsi suivre au plus près les enseignements de son père spirituel, l'Ancien Païssios, qui résidait dans l'ermitage dédié à la Vénérable Croix, non loin du monastère.
Le Père Isaac parlera de sa rencontre avec saint Isaac, dans l'introduction de Nouskiatte, sa traduction du grec en arabe des Discours ascétiques de saint Isaac le Syrien et de ses Lettres. (L'ensemble a été traduit en français par Jacques Touraille sous le titre Œuvres Spirituelles, Ed. Desclée de Brouwer, Paris, 1981).

Il nous racontera qu’un vénérable du Mont-Athos lui a dit, alors qu’il connaissait très peu de choses sur le saint : « Es-tu venu ici d’une terre qui a engendré des saints en abondance tel que le vertueux Isaac le Syrien pour apprendre les fondements de la vie monastique ? » et le père de répondre : « Oui, saint Père, car l’expérience de nos pères a été transmise jusqu’ici, et je suis venu la retrouver dans ce saint lieu. »
Un an après son arrivée au monastère de Stavronikita, il se retira dans ce qui allait devenir son refuge, l'ermitage de la Résurrection qu'il restaura lui-même, dans la région de Kebssala non loin de Karyes, la capitale de la Sainte Montagne. Il y vécut seul pendant quatre ans, une vie de dure ascèse et de lutte. Il fut confronté à de nombreuses tentations et épreuves qui visaient à le faire sortir de sa solitude jusqu'à ce qu'un jour, pris dans la tourmente de ses pensées, sa fatigue et ses souffrances, il découvrit une vieille tombe alors qu'il marchait sans objectif précis, il s'arrêta devant et pria avec ferveur et appela en lui le souvenir de la mort, puis il dit d'une voix déterminée : « Ici je mourrais. » Dès lors, les pensées qui le tourmentaient s'évanouirent entièrement. Ce souvenir de la mort ne le quitta jamais plus, puisque selon la tradition monastique, il creusa de ses propres mains une tombe à sa taille dans le jardin de son ermitage, une tombe qu'il encensa tous les jours jusqu'à ce que son corps y soit déposé après sa dormition dans le Seigneur le jeudi 16 juillet 1998.
Il demeura sur le Mont-Athos de 1978 jusqu'en 1998, année de sa dormition, et fut connu par son ascèse et son combat spirituel. Il devint, par la grâce de Dieu, un père spirituel renommé sur le Mont-Athos et en Grèce, exigeant envers lui-même et fervent promoteur de la pratique assidue du sacrement de la confession.
De son vivant, il devint aussi un pont vivant entre l'Eglise d'Antioche et la Sainte Montagne. Il disait souvent : « Je représente Antioche au Mont-Athos », et il en était fier. Des Libanais mais aussi des chrétiens arabophones des patriarcats d'Antioche, de Jérusalem et d'Alexandrie, aussi bien que d'autres personnes venues du nouveau monde vinrent prendre sa bénédiction et demander ses conseils. Il effectua en outre lui-même plusieurs voyages de courte durée au Liban son pays d'origine mais aussi en Syrie, en Jordanie et en Egypte.